Родился будущий историк 27 марта 1744 года в семье гвардии капитана Ивана Яковлевича Мусина-Пушкина. И пусть никого не смущает вроде бы невысокое звание благородного родителя: оно было вторым сверху в знаменитой Табели о рангах. Образование Алексей получил самое лучшее. Сначала мальчик учился дома, а с 13-ти лет — в элитной Петербургской артиллерийской школе. Как и положено отпрыску знатной семьи, Алексей поступает на военную службу, в артиллерийские войска, где его поначалу ждёт несомненный успех: молодой офицер становится адъютантом графа Григория Орлова, на тот момент всесильного фаворита императрицы. Однако с 1772 года место рядом с Екатериной занимает сначала Васильчиков, а через пару лет и могущественный Потёмкин, так что своему бывшему возлюбленному волевая государыня предлагает оставить занимаемые должности и съездить за границу поправить здоровье.
Потеряв столь серьёзную протекцию, Алексей увольняется с военной службы и тоже едет в путешествие по Европе. Побывав в Германии, Франции, Англии, Швейцарии, 30-летний дворянин всё больше проникается любовью к Отечеству. В 1775 году он возвращается на родину и на государеву службу, на сей раз – статскую, где получается придворный чин 5-го класса. Служба у хорошо образованного и блестяще воспитанного чиновника задалась: в 1780 году удостаивается ордена св.Станислава, а 1784 становится действительным статским советником. В 1789 Мусин-Пушкин возглавляет Корпус иностранных единоверцев, который Екатерина учредила для детей греческих эмигрантов. Также с 1775 он почётный член Императорской академии художеств, а в 1789 знаменитая Екатерина Дашкова рекомендует его в академию наук.
В последние годы правления «матушки Екатерины» Мусин-Пушкин отлично совмещал работу и хобби. В 1791 стал обер-прокурором Святейшего Синода, что открыло доступ к редким документам и рукописным книгам, хранящимся в монастырях и храмах. Буквально через две недели после нового назначения был подписан монарший указ о собирании древних рукописей и печатных книг, явно учитывавший интересы нового главы ведомства. И это скоро дало результат. Согласно официальной версии, в Свято-Преображенском монастыре Ярославля среди летописей и церковных актов он находит доселе неизвестное художественное произведение — «Слово о полку Игореве».
Текст «Слова», включённый в рукописный сборник XVI века, был случайно обнаружен в конце XVIII века А. И. Мусиным-Пушкиным, а первая публикация состоялась в 1800 году. Рукопись вскоре погибла, и это наряду с уникальностью «Слова» стало поводом для гипотез о литературной мистификации. Многие скептики, наиболее авторитетный из которых — советский историк Александр Зимин, выдвигали версии о том, что «Слово» было создано в XVIII веке и выдано за памятник древнерусской литературы. Однако в современной науке подлинность этого произведения считается доказанной.
